Démobilisé en décembre 1918, Paul Perdrizet rentre à Nancy où il participe à la réouverture de la faculté des lettres dans des locaux de fortune, après les dommages subis par l’université et la destruction de la bibliothèque universitaire dans un bombardement le 31 octobre précédent. L’effondrement dans l’incendie de l’étage supérieur sur le musée archéologique, qui occupait le rez-de-chaussée du bâtiment, entraîne la destruction de la plus grande partie de la collection de moulages que Paul Perdrizet avait patiemment réunie. Cette catastrophe achève de le convaincre, si besoin était, de demander sa nomination à Strasbourg, pour y participer à la reconstruction de l’université française. L’entreprise est pilotée par Christian Pfister, ancien collègue de Paul Perdrizet à la faculté des lettres de Nancy, qui le sollicite dès 1917 pour occuper la future chaire d’archéologie et d’histoire de l’art.

Après un semestre d’enseignement à Nancy, Paul Perdrizet part donc à Strasbourg en novembre 1919, avec de nombreux professeurs nancéiens, dont son élève et ami Albert Grenier. Mais les Établissements Gallé réclament toujours sa présence régulière à Nancy et il n’est pas question pour sa femme de quitter la maison familiale de la Garenne qu’elle partage avec sa sœur cadette, Claude. Paul Perdrizet se contente donc de louer un appartement à Strasbourg, rue Oberlin, qu’il occupe en semaine les quelques mois de la saison des cours, d’octobre à mai, environ. Il rentre à Nancy chaque semaine et y réside la plus grande partie de l’année. Il continue de se rendre ausi très régulièrement à Paris, moins pour ses recherches que pour assister aux conseils d’administration des nombreuses sociétés dont il est actionnaire et administrateur. À Nancy même, il participe avec Gustave Simon, l’ancien maire de Nancy pendant la guerre, à la fondation en 1920 des Cristalleries de Nancy, une nouvelle entreprise de fabrication de verrerie qui connaît rapidement un vif succès. Il ne faut pas croire néanmoins, qu’il ne s’investit pas dans l’université strasbourgeoise : le sixième volume de la nouvelle collection des publications de l’université est son Negotium perambulans in tenebris (1922), où il reprend son exploration érudite de l’occultisme dans l’Antiquité. Il écrit quelques études sur l’art alsacien et reprend l’habitude de donner des conférences à Mulhouse, mais dans le cadre de l’extension universitaire strasbourgeoise, plutôt que dans celui de la Société industrielle de Mulhouse (SIM). Il compte parmi ses élèves le grand byzantiniste d’origine russe André Grabar, dont il dirige la thèse et sur lequel il exerce une profonde influence, mais aussi l’orientaliste Daniel Schlumberger et l’helléniste Yves Béquignon.

La guerre a mis fin à ses projets de retour scientifique en Macédoine : il n’est plus question pour lui désormais de collaborer avec des savants allemands et, de surcroît, la désignation du jeune Charles Picard à la direction de l’École française d’Athènes lui ôte le dernier espoir de cette nomination. Sa génération a été la victime du hiatus créé par le conflit. Il solde donc ses dossiers macédoniens les plus importants en quelques articles et passe à d’autres projets, laissant à des savants plus jeunes, tels Paul Collart, le soin de continuer l’exploration épigraphique de la Macédoine orientale.
L’Égypte continue d’exercer sur son esprit un attrait scientifique croissant : il peut enfin terminer le recueil des inscriptions d’Abydos avec le fidèle Lefebvre, celui des terres cuites d’Égypte gréco-romaines de la collection du docteur Fouquet et publier une troisième collection de son ami, les Antiquités de Léontopolis dans les Monuments et mémoires de la fondation Piot (1922). Mais il s’agit là de dossiers constitués avant 1914. La mort de Daniel Fouquet, en 1921, autant que le désengagement de Jacques Doucet de la Bibliothèque d’art et d’archéologie, donnée à la Sorbonne, mettent fin à d’autres projets de publications communes. Il est toutefois désormais reconnu aussi comme un spécialiste de l’Égypte : en 1923, il fait partie des membres fondateurs de la Société française d’égyptologie, aux côtés d’un autre Nancéien, Étienne Drioton.